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剧情背景：欧洲中世纪，位于西班牙某地的萨拉萨尔家族城堡附近，一个名叫losilluminados的邪教利用寄生虫lasplagas进行秘密的宗教活动。此后萨拉萨尔家族第一代城主攫取了邪教的统治权并将寄生虫全部深埋在城堡附近的地底。
1960年，声名显赫的亚希福特家族第六代家主爱德华・亚希福特和年轻贵族奥斯威尔・e・斯宾塞在非洲古迪帕亚遗迹中的菊科植物“太阳阶梯”中发现一种古代病毒，病毒能使生物体基因变异，失去意识，并且拥有极强的生命力和抵抗力。鉴于这种病毒的奇异特征，两人决定研究这种病毒，并命名为“始祖病毒”，始祖病毒母体样本诞生。
1963年，由于研究病毒的需要，斯宾塞以未来公司主管的度假别墅为借口，聘请著名建筑师乔治・特列博尔在美国西部浣熊市的阿克雷山区建造了内部结构复杂，机关重重的洋馆。四年之后（1967年秋）洋馆完工。斯宾塞随即邀请特列博尔一家前往洋馆度假。
1967年，11月10日。特列博尔的妻子杰西卡与女儿丽莎进入洋馆，随即被植入始祖病毒变异株type-a型与type-b型。
11月13日，特列博尔亦被挟持到洋馆遭到软禁。
11月16日，杰西卡与病毒融合失败遭到废弃处理，而丽莎却与病毒融合，但却失去理智，袭击供应饮食的女研究员，并剥下她的面皮。
11月27日，特列博尔从地下密室逃出，开始寻找出路。当他发现洋馆的结构和他当初设计的并不一样而无法逃出时，于11月31日在绝望中死去。
1968年，爱德华・亚希福特，奥斯威尔・e・斯宾塞，詹姆斯・马库斯三人成立跨国制药企业u公司（保护伞公司）。公司表面为财力雄厚，等级森严的制药公司，但在不为人知的背后却进行着病毒的研究和开发。由于找不到稳定病毒的方法，爱德华・亚希福特逐渐忽略打理公司业务，大权逐渐落到斯宾塞手中。
1971年，众多研究员敬仰的同时也是始祖病毒奠基者的爱德华・亚希福特感染病毒去世。其子亚历山大・亚希福特早已取得博士学位，成为了亚希福特家族第七代家主。亚历山大与1970年建造了南极研究所，主要研究基因遗传。然而研究却接连宣告失败，绝望之际他提取了家族创始人亚希福特家族第一代家主维罗尼卡・亚希福特的基因，通过人工授精的方式制造出阿尔弗雷德・亚希福特和阿莱克西亚・亚希福特兄妹，寄希望与培养出智力超群的后代。
此后数年，保护伞公司在世界各地陆续开始建造秘密研究所，进行始祖病毒和新型病毒“t”病毒的各种b.o.w（生化兵器）的开发。司董事詹姆斯・马库斯与1976年出任浣熊市阿克雷研究所以及新建干部养成所的负责人。
1977年，9月19日，干部养成所。新病毒的研究终于有了成效，在将病毒与水蛭dna结合后达到了马库斯预期的突破，马库斯将其命名为“t”病毒（取自tyrant暴君的第一个字母）。为了完善病毒，马库斯决定放弃啮齿类动物作为研究对象，而改用哺乳类动物，必要时就以人为实验对象。
11月15日，马库斯发现有人暗中调查他的研究，并猜到是斯宾塞所为。
1978年，2月11日。实验室入口遭到破坏，马库斯求助于他的得意门生威廉・柏金和阿尔伯特・威斯克并且为了夺得主动权而在董事会上公布了“t”病毒。不料斯宾塞早有准备，并指示威廉和威斯克杀掉马库斯。
6月3日，马库斯在研究病毒时被闯进来的特种部队开枪击毙。临死前马库斯看到了威廉和威斯克。马库斯的尸体被冲入下水道。然而水蛭女王的病毒附到他身上，马库斯在无人知晓的情况下以二十年时间复活。
7月31日，对马库斯事件起到重要作用的两人前往阿克雷研究所担任主要研究员，他们是18岁的全才阿尔伯特・威斯克与16岁的天才威廉・柏金。马库斯死亡后，两人便接手“t”病毒的研究。
1981年，7月27日。年仅10岁的天才少女阿莱克茜亚・亚希福特从大学毕业。阿莱克茜亚被保护伞公司分配到南极研究所。由于阿莱克茜亚的存在，导致威廉・柏金几乎疯掉。在过去的3年中“t”病毒的研制基本完成，只有近10％的人能免疫，所有人都满足于此成果时，斯宾塞却命令继续研究，直到开发出能毁灭世界的生物兵器，几乎没人知道斯宾塞的目的。威廉受到巨大冲击，疯狂的使用浣熊市的市民进行试验。
1983年，2月17日。阿莱克茜亚的哥哥阿尔弗雷德在南极研究所的密室中了解到自己与妹妹的身世，开始憎恨父亲。
3月3日，阿莱克茜亚将始祖病毒与蚁后基因融合，制造出新型“维罗尼卡病”，并在阿尔弗雷德帮助下以自己的父亲亚历山大为实验体植入维罗尼卡病毒。
4月22日，维罗尼卡病毒人体实验失败，亚历山大・亚希福特化为危险的怪物-诺斯拉图。被监禁于南极基地的地下牢房中。为了彻底完善维罗尼卡病毒，阿莱克茜亚将维罗尼卡病毒植入自己体内，并以冰冻的方式延缓病毒变异造成的智力衰退，由此进入长达十余年的沉睡。阿尔弗雷德回到洛克福德岛出任军事训练司令。不久他出现恋妹情节并出现人格分裂症状，所以有关维罗尼卡病毒的研究全部终止。
12月31日，从南极研究所传来阿莱克茜亚由于感染病毒而死亡的消息。至此，威廉・柏金的情绪才恢复正常。而威斯克开始考虑斯宾塞的真实想法，并欲脱离保护伞公司。
1988年，1月。迈克尔・沃伦出任浣熊市市长，并且与保护伞公司建立了紧密联系，半数市民都被保护伞公司雇佣。威廉・柏金已经结婚，妻子是同事安奈特・柏金，1986年两人的女儿雪莉・柏金出生，此时威廉已经是病毒研究的绝对权威，病毒的研究也进入成熟阶段。按照斯宾塞的构思，带有攻击意识的战斗生命体“tyrant”（暴君）被制造出来了，他拥有一定的智能，能按照编写好的程序执行命令，生命力，抵抗力，攻击能力都比人类强大。但是绝大多数人在植入病毒后会因为脑细胞与病毒融合时衰竭而几乎没有智力。按照基因解析融合模拟实验显示，一千万人中只有一个人能成为暴君。同年成立的法国分公司正在进行最新的“复仇女神”计划，这是一种全新思路的生化兵器。“复仇女神”是操纵基因而人工创造出来的寄生体，它寄生在寄生体的大脑，强化智能。所以如果把“复仇女神”与“t”病毒融合，就能培养出高智能的战斗生物。但是在“复仇女神”寄生后大多数生物都因为承受不了5分钟的智力支配就会死亡。所以最后还是只有借助第一个实验体丽莎，进入她大脑的“复仇女神”消失了。
1991年，威廉・柏金向公司提出了最新的“g-virus”（g病毒），斯宾塞批准开发。丽莎被注射了始祖病毒，以至后来所有的病毒在她身体里都能融合并不断变异，甚至吸收了“复仇女神”。威廉正是从丽莎身体中提取出了“g”病毒。“g”的特性是使基因变异，导致宿主的身体结构和细胞结构全部发生改变。而威斯克早已不再关心病毒，他争取到前往浣熊市警局当卧底的机会，暂时脱离了保护伞公司。
1992年，在保护伞公司的经济援助下，浣熊市开始大幅度重建和更新，发展迅速。威廉的新研究所（蜂巢）就建在了浣熊市的地下。
1995年，7月31日，威斯克和威廉再次来到伴随他们成长的阿克雷研究所。这里曾是最高级病毒研究所，而“t”病毒就是在这里开发出来的。由于丽莎在吸收了“复仇女神”后又开始撕其他女性的面皮，威斯克和威廉为了不使机密泄露而决定销毁丽莎。经过3天的生命停止反映后，丽莎被运到森林里的小木屋里，那... -->>
